В ее структуру входил оперативный штаб, являвшийся органом непосредственного управления силами и средствами, привлекаемыми для проведения антитеррористических операций и ликвидации последствий террористической деятельности. Комиссия выполняла функции органа, обеспечивающего взаимодействие субъектов, осуществляющих борьбу с терроризмом. В 2006 году в соответствии с Указом Президента Российской Федерации «О мерах по противодействию терроризму» был создан национальный антитеррористический комитет. Тем же Указом определены новые задачи антитеррористических комиссий в субъектах Российской Федерации.
Это координация деятельности территориальных органов исполнительной власти, органов исполнительной власти субъекта, органов местного самоуправления по профилактике терроризма, а также минимизации и ликвидации последствий его проявлений. В отдельную структуру был выведен оперативный штаб, на который возложены задачи по планированию применения сил и средств федеральных органов исполнительной власти и их территориальных органов по борьбе с терроризмом, а также управление контртеррористическими операциями.
Таким образом, в общегосударственной системе противодействия терроризму существенная роль стала принадлежать антитеррористическим комиссиям в субъектах Российской Федерации, которыми в соответствии со складывающейся обстановкой, вырабатывается комплекс необходимых мер по профилактике терроризма и соответственно устранению способствующих ему причин и условий.
В 2007 году проведено пять заседаний антитеррористической комиссии Хабаровского края. Из них два - совместно с оперативным штабом. В числе рассмотренных вопросов были: о состоянии безопасности на объектах транспорта и энергетики, готовности правоохранительных органов, министерств и ведомств края к проведению массовых мероприятий, мерах по обеспечению режима общественного порядка, состоянии антитеррористической защищенности образовательных учреждений края и другие. З аслушаны представители министерств, ведомств края, правоохранительных органов, руководители организаций и предприятий.
Комиссией осуществлен мониторинг социально-экономической ситуации, на основе которого выделены возможные предпосылки к возникновению в перспективе конфликтных ситуаций на территории края. Результаты мониторинга использованы при выработке основных направлений по профилактике экстремизма и терроризма на территории края на 2008 - 2010 годы, утвержденных Постановлением Правительства . В соответствии с распоряжением губернатора Хабаровского края антитеррористической комиссией разработаны методические рекомендации по обеспечению безопасности, общественного порядка при проведении массовых мероприятий.
В рамках участия в командно-штабных и тактико-специальных учениях, проведенных оперативным штабом, отработаны вопросы взаимодействия по ликвидации последствий террористического акта, оказания всесторонней помощи на стадии подготовки и проведения контртеррористической операции. При осуществлении учебных аварийно-спасательных работ, тушении пожаров были задействованы силы и средства министерства по чрезвычайным ситуациям края.
Круглосуточное дежурство несут поисково-спасательные отряды в городах Хабаровске, Комсомольске-на-Амуре, Амурске и Советской Гавани. Задействованы расчеты 49 пожарных частей.
В постоянной готовности находится и служба экстренного реагирования ГУЗ “Дальневосточный центр медицины катастроф”, представители которого также принимали участие в контртеррористических учениях и выработке решений по ликвидации медико-санитарных последствий прогнозируемой чрезвычайной ситуации.
Комиссией предпринимаются должные меры в рамках представленных ей полномочий, направленных на предупреждение данной противоправной деятельности.
Налажено взаимодействие с муниципальными антитеррористическими комиссиями. В 2007 году органами местного самоуправления внесены изменения в действующие правовые акты, регламентирующие деятельность комиссий на местах, определен их новый состав.
Мероприятия по противодействию терроризма и экстремизма выполнялись и в рамках краевой программы: “Профилактика правонарушений и усиление борьбы с преступностью на территории Хабаровского края на 2007 – 2009 годы”, государственной программы “Патриотическое воспитание граждан Российской Федерации на 2006 – 2010 годы”.