С предложением закрыть порт для международного сообщения и захода иностранных судов обратились Минтранс России и правительство Хабаровского края. Предложение было согласовано с Министерством иностранных дел, Минобороны, Министерством внутренних дел, Минсельхозом, Минфином, Министерством экономического развития и торговли, Минздравсоцразвития, Федеральной службой безопасности и Федеральной таможенной службой (ФТС).
ФСБ, ФТС, МВД и Минсельхозу с участием заинтересованных федеральных органов исполнительной власти поручено обеспечить проведение мероприятий по прекращению осуществления в речном порту Комсомольск-на-Амуре пограничного, таможенного, санитарно-карантинного, иммиграционного, ветеринарного и карантинного фитосанитарного контроля за пересечением государственной границы РФ физическими лицами и транспортными средствами, перемещением через нее грузов, товаров и животных.
С 1 сентября 2006г. вступил в силу приказ директора ФСБ Николая Патрушева от 14 апреля 2006г. "О пределах пограничной зоны на территории Приморского края". Согласно документу, в пограничную зону вошли все территории побережья Приморья.
